هي السلطة التنفيذية للاتحاد وتعمل على تنفيذ قرارات المؤتمر العام والمجلس المركزي وفق توصياتهما وحسب الإجراءات والترتيبات التي تضبطها اللوائح الداخلية للاتحاد.

وتتألف الأمانة العامة من خمسة عشر عضوا بالانتخاب المباشر من المؤتمر وفق الشروط التالية:

1) أن يكون المرشح عضواً في المؤتمر.

2) أن تكون نقابته مسددة رسم الانضمام للاتحاد.

3) أن تكون نقابته مسددة للنسبة الراجعة للاتحاد من اشتراكات منتسبيها.

4) أن يكون بحريني الجنسية ويجيد اللغة العربية قراءة وكتابة.

5) أن يكون قابلاً للتفرغ وجوباً للعمل النقابي.

وينتخب أعضاء الأمانة العامة من بينهم أميناً عاماً للاتحاد في أول جلسة لهم بعد الإعلان عن نتائج الانتخابات وتوزع بقية المسئوليات فيما بينهم بالتراضي أو الاقتراع كما يلي:

1) نائب الأمين العام.

2) أمين عام مساعد للتنظيم النقابي.

3) أمين عام مساعد للمالية والإدارة.

4) أمين عام مساعد للعلاقات العربية والدولية.

5) أمين عام مساعد للإعلام والنشر.

6) أمين عام مساعد للقطاع العام.

7) أمين عام مساعد للقطاع الخاص.

8) أمين عام مساعد للثقافة العمالية والتدريب.

9) أمين عام مساعد للتشريع والدراسات.

10) أمين عام مساعد للحماية الاجتماعية.

11) أمين عام مساعد للمرأة العاملة وشئون الطفل.

12) أمين عام مساعد للشباب العامل.

13) أمين عام مساعد للصحة والسلامة المهنية والبيئة.

14) أمين عام مساعد للمشاريع والأنشطة.

مهام الأمانة العامة:

1)     تسيير النشاط اليومي للاتحاد واتخاذ قرارات تنفيذية في نطاق الهياكل المسيرة للاتحاد.

2)     الإلتزام بمتابعة الشئون العامة للاتحاد ولاسيما الإدارية والمالية.

3)     تمثيل الاتحاد في جميع الأنشطة المحلية والعربية والدولية.

4)     مساعدة النقابات الأعضاء في إدارة مهامها والمساعدة في حل المشاكل التي تواجهها.

5)     تمثيل عمال البحرين في أي عملية حوار اجتماعي أو مفاوضة جماعية على المستوى الوطني.

6)     وضع برنامج عمل الاتحاد العام.

أعضاء الأمانة العامة ومهامهم:

      للأمانة العامة الحق في تغيير ودمج بعض المسئوليات على أن لا تخرج عن المسئوليات المنصوص عليها في المادة (15) أو إضافة بعض المهام وفق ما تراه مناسباً لتسيير أعمالها بعد إقرارها من المجلس المركزي.

الأمين العام:

 هو المسئول الأول والناطق الرسمي للاتحاد العام لنقابات عمال البحرين وتتمثل مهامه أساساً في:

1)   التنسيق بين أعضاء الأمانة العامة حسب مهامهم وفي نطاق مقررات هياكل الاتحاد وتوصيات لجانه.

2)   يعين بالتنسيق مع أعضاء الأمانة كل في مجال اختصاصه ممثلي الاتحاد لحضور والإشراف على المجالس والمؤتمرات القطاعية والقاعدية وكذلك بالمهام والاجتماعات التي يدعى لها الاتحاد.

3)   له حق التقاضي والتمثيل لدى السلطات الإدارية والقضائية في جميع الأمور التي لها علاقة بالاتحاد أو بشئون العمل والعمال فرادى أو جماعات وله حق التفويض في بعض مهامه لأحد أعضاء الأمانة العامة بصفة مؤقتة.

4)   يكون مسئولاً بالتضامن مع الأمين العام المساعد للمالية والإدارة عن مالية الاتحاد والتصرف المالي به ويوقع معه على كل المستندات المالية بصفته الآمر بالدفع وكذلك في عمليات سحب وتحويل أموال الاتحاد.

يمارس الأمين العام مهامه وفق الإجراءات والترتيبات المبينة باللوائح التنظيمية للاتحاد، وذلك بعد المصادقة عليها من المجلس المركزي.

نائب الأمين العام:

 يقوم بجميع مهام الأمين العام أثناء غيابه.يعمل على تنسيق وتوطيد علاقات الاتحاد مع مؤسسات المجتمع المدني، وتدعيم مواقفه في نسيج مؤسسات المجتمع المدني وينظم الندوات والملتقيات المختصة في الغرض.يحرص على تزويد الهياكل والتشكيلات النقابية بكل ما يتعلق بنشاطات الهياكل الدستورية والجمعيات ويعمل على توجيهها وتوعيتها بالحس المدني وترسيخ مبادئ حقوق الانسان تماشياً مع سياسة الاتحاد وتوجهاته ويمكنه الاستعانة بمختصين في إنجاز هذه المهام.

الأمين العام المساعد للتنظيم النقابي:

1)   يعمل بالتعاون مع مختلف التشكيلات النقابية على احترام النظام الأساسي للاتحاد العام وللنقابات المكونة له والالتزام بمواده ويصدر الخطابات المنظمة ذات الصلة.

2)   يرأس أي لجنة لها علاقة بالنظام الداخلي بعد تشكيلها من المجلس المركزي ويمدها بالوثائق الضرورية ليسهل مهماتها.

3)   التحري فيما يطرح من إشكاليات لدى النقابات ويعرض ذلك على الأمانة العامة

4) يقوم بمهام الأمين العام المساعد للمالية والإدارة أثناء غيابه.

5) يعمل على زيادة العضوية في الاتحاد العام.

الأمين العام المساعد للمالية والإدارة:

1)   يعمل على جميع ما يهّم مالية الاتحاد وفروعه من حيث الإيرادات والمصروفات.

2)   يعمل على سير وتنظيم إدارة الاتحاد وفروعه وشؤون موظفيه.

3)   يعمل على تنظيم مساعدة النقابيين وعائلات المتوفين منهم والمتقاعدين وعلى تقديم المساعدات للنقابات الصديقة والشقيقة وذلك بقرار من الأمانة العامة.

4)   يعدّ الموازنة السنوية للاتحاد العام ويقدمها للمجلس المركزي بعد مصادقة الأمانة العامة عليها مستعيناً في ذلك بمن يراه مناسباً من ذوي الخبرة والاختصاص كما يعد التقارير المالية ويقدمها إلى لجنة الرقابة المالية والمجلس المركزي لإقرارها.

5)   يتفق مع إحدى مؤسسات التدقيق بعد موافقة الأمانة العامة ومصادقة المجلس المركزي للقيام بتدقيق حسابات الاتحاد على أن يتم تغيير أو إعادة تعيين المؤسسة بعد كل دورة انتخابية.

6)   يزود لجنة المراقبة المالية بالوثائق الضرورية لتسهيل مهمتها، ويوفر لها كل الوسائل الكفيلة لتمكينها من مراقبة مالية الاتحاد والنقابات المكونة له.

7)   يوقّع مع الأمين العام أو من ينوب عنه في عمليات سحب وتحويل أموال الاتحاد.

8)   يشرف على العاملين بالاتحاد العام.

الأمين العام المساعد للعلاقات العربية والدولية:

1)  يعمل على توطيد العلاقات مع المنظمات العربية الشقيقة ثنائياً أو في نطاق الاتحاد الدولي لنقابات العمال العرب في إطار توحيد العمل النقابي المشترك على الصعيد العربي.

2)   يعمل على توثيق العلاقات بالمنظمات النقابية الدولية التي لا تتعارض أهدافها مع أهداف الاتحاد العام ومبادئه.

3)  ينظّم مشاركات الاتحاد العام وحضوره الفعّال في التظاهرات العربية والدولية ويقترح من يمثل الاتحاد والهياكل النقابية المعنية بهذه التظاهرات بالتنسيق مع الأمين العام وإعلام الأمانة العامة لاتخاذ القرار النهائي بشأنه.

الأمين العام المساعد للإعلام والنشر:

1)   يساعد التشكيلات النقابية للاتحاد العام لنقابات عمال البحرين على نشر وتغطية نشاطها في وسائل الإعلام ويتابع كل ما ينشر ويذاع في الداخل والخارج حول الاتحاد وهياكله ويتولى إعلام أعضاء الأمانة العامة به.

2)   يعمل على دعم العمل التوعوي والتنظيمي للإطارات النقابية عن طريق الإعلام المكتوب والمسموع والمرئي ويتابع كل النشرات.

3)   هو المتحدث باسم الاتحاد العام.

4)   يعمل على نشر الأدبيات والمطبوعات النقابية وترويجها .

5)   يصدر نشرة نقابية داخلية دورية تلخّص نشاط هياكل الاتحاد والتشكيلات النقابية.

6)   يرأس لجنة النشر والإعلام و هيئة تحرير المجلة المركزية للاتحاد بعد تشكيلها من قبل الأمانة العامة.

7)   يعمل على إصدار جريدة عمالية ناطقة باسم الاتحاد العام.

8)   يشرف على الموقع الإليكتروني للاتحاد العام.

الأمين العام المساعد للقطاع العام:

1)  يعمل على إعداد الدراسات لتنقيح ومراجعة الأنظمة الأساسية لموظفي وعمال القطاع بالتنسيق مع قسم التشريع والدراسات من جهة والهياكل القطاعية المعنية من جهة أخرى.

2)  يعمل على حل القضايا العمالية في قطاعه أو إحالتها إلى الجهات المختصة في حالة عدم التسوية بالتنسيق مع الأمين العام.

3)  يتابع المنازعات العمالية وغيرها في القطاع العام لدى المحاكم المختصة كما يساعد الهياكل ويمثل الاتحاد في المحاكم العمالية.

الأمين العام المساعد للقطاع الخاص:

1)   يقوم بالتنسيق بين الهياكل المعنية للمفاوضات الجماعية القطاعية في القطاع الخاص.

2)   يعدّ بالتنسيق مع المكلف بالتشريع والدراسات مشاريع مراجعة قوانين العمل في مجال اهتماماته.

3)   يعمل على حل القضايا العمالية في قطاعه أو إحالتها إلى الجهات المختصة في حالة عدم التسوية بالتنسيق مع الأمين العام.

4)   يتابع المنازعات العمالية وغيرها في القطاع الخاص لدى المحاكم المختصة كما يساعد الهياكل ويمثل الاتحاد في المحاكم العمالية.

5)   يكون مسئولاً عن شئون القطاع البحري ويعمل على الارتقاء به

الأمين العام المساعد للثقافة العمالية والتدريب:  

1)   يرأس لجنة الثقافة العمالية والتدريب  بالاتحاد العام.

2)   ينظم الدورات والندوات التأهيلية والتثقيفية ويصدر نشرة نقابية داخلية تعتني بالتوجيه والتثقيف بالتنسيق مع قسم الإعلام.

3)   يعمل على تدعيم وتطوير نشاط المكتبة النقابية للاتحاد.

4)   يعمل على إعداد برنامج تأهيلي وتثقيفي سنوي بالتنسيق مع القطاعات والجهات ويعمل على تنفيذه بعد عرضه على الأمانة العامة للمصادقة.

5)   يعمل على تطوير التعاون مع المنظمات العربية والدولية وتنظيم مشاركة النقابيين في الملتقيات التأهيلية والتثقيفية بالتنسيق مع قسم العلاقات الخارجية.

6)   يساعد القطاعات على إعداد برامجها التأهيلية والتثقيفية وتنفيذها بالتنسيق مع قسم المالية.

7)   يعمل على رفع المستوى التقني والمهني والفني للعمال.

الأمين العام المساعد للتشريع الدراسات:

1)   يواكب كلّ ما ينشر من قوانين تهّم الميدان الاجتماعي ويعرف الهياكل النقابية بها.

2)   يعمل بالتنسيق مع القطاعات على إعداد مشاريع القوانين التي يعتزم الاتحاد عرضها على الجهات الرسمية والأهلية وأصحاب المؤسسات.

3)   يحرص على تزويد الهياكل النقابية بالقوانين الاجتماعية كما يعمل على شرحها وتوضيحها للتشكيلات المعنية.

4)   يعمل  بناء على تقارير وبرامج مصادق عليها من قبل الهياكل المسؤولة للاتحاد على إنجاز الدراسات والبحوث الاقتصادية والاجتماعية.

5)   يساعد النقابات على القيام بالدراسات والبحوث الخاصة بها .

6)   يعمل على جمع وتوثيق المراجع الاقتصادية والاجتماعية وتزويد الهياكل النقابية والدارسين والباحثين بها.

7)   يمكن الاستعانة بمكتب دراسات متألف من خبراء متعددي الاختصاصات بعد موافقة الأمانة العامة.

8)   يرأس اللجنة التشريعية بالمجلس المركزي ، كما يرأس لجنة التشريع والدراسات بالإتحاد.

الأمين العام المساعد للحماية الاجتماعية

1)   يرأس لجنة الحماية الاجتماعية بالاتحاد العام.

2)   يعمل على متابعة شئون الضمان الاجتماعي بالتنسيق مع الأمناء المعنيين.

3)   يتابع وينسق أعمال ممثلي الاتحاد للهياكل النقابية المعنية في هذا الشأن.

4)   ينظم ندوات ودورات في مجال الحماية الاجتماعية بالتنسيق مع قسم الثقافة العمالية.

5)   يكون حكما أحد ممثلي الاتحاد في مجلس إدارة الهيئة العامة للتأمين الاجتماعي

6)   ويكون مسئولا عن شئون المتقاعدين

الأمين العام المساعد للمرأة العاملة وشئون الطفل

1)   يرأس لجنة المرأة العاملة وشئون الطفل بالاتحاد.

2)   يعمل على مزيد من إدماج المرأة العاملة داخل النشاط النقابي عبر دعم نشاط لجنة المرأة العاملة.

3)   ينظم ندوات ودورات في مجال المرأة العاملة بالتنسيق مع قسم الثقافة العمالية والتدريب.

4)   يعمل بالتنسيق مع المنظمات النسائية فيما يتعلق بشئون المرأة العاملة وشئون الطفل.

5)   يتابع وينسق أعمال ممثلي الاتحاد للهياكل النقابية المعنية بشئون المرأة العاملة ومنهاضة عمالة الأطفال .

الأمين العام المساعد للشباب العامل:

1)   يرأس لجنة الشباب العامل بالاتحاد العام.

2)   يعمل على مزيد من إدماج الشباب العامل داخل النشاط النقابي عبر دعم نشاط لجنة الشباب العامل.

3)   ينظم ندوات ودورات في مجال الشباب العامل بالتنسيق مع قسم الثقافة العمالية والتدريب.

4)   يعمل بالتنسيق مع الاتحاد النسائي والجمعيات الشبابية والأهلية فيما يتعلق بشئون الشباب.

5)   يتابع وينسق أعمال ممثلي الاتحاد للهياكل النقابية المعنية بشئون الشباب العامل.

الأمين العام المساعد للصحة والسلامة المهنية والبيئة

1)   يرأس لجنة الصحة والسلامة المهنية والبيئة بالاتحاد العام.

2)   يعمل على جمع المعلومات الخاصة بمخاطر و حوادث العمل والسلامة المهنية والبيئة بالتنسيق مع الهياكل النقابية القطاعية والأساسية والجهات المختصة التي تعني بهذا المجال ويمكنه تشكيل لجان دائمة مختصة في مختلف مجالات نشاطه.

3)   يعمل على رعاية وتوجيه المتضررين من حوادث العمل ومتابعة ملفاتهم ومساعدتهم وقت الحاجة.

4)   يعمل على تحسين أوضاع العاملين بخصوص المحافظة على الصحة والسلامة المهنية والبيئة بالتنسيق مع الجهات المختصة.

5)   ينظم ندوات في مجال الصحة والسلامة المهنية والبيئة بالتنسيق مع قسم الثقافة العمالية.

الأمين العام المساعد للمشاريع الأنشطة:

1)   يرأس لجنة الأنشطة والمشاريع في الاتحاد العام وينسق بين الهياكل النقابية المعنية بهذا الشأن.

2)   يعمل على تحسين المزايا والخدمات المقدمة للأعضاء النقابات العمالية في جميع المجالات.

3)   يعمل على زيادة إيرادات الاتحاد من خلال المشاريع والأنشطة بالتنسيق مع الأمين العام المساعد للمالية والإدارة وفق الشروط التي تقرها اللائحة المالية.

4)   يعمل على إعداد برنامج اجتماعي وترويحي ورياضي لأعضاء ونقابات الاتحاد.

5)   يعمل على صياغة برامج الأندية الرياضية والخدمات الاجتماعية فيها.